海、河川、湖、運河などの水底に建設されるトンネルの総称で、海底トンネル、河底トンネルなどと建設箇所を明示することもある。水底トンネルの多くは河川の流域に発達した都市部にあるため、地揺が砂礫、シルト、粘土等からなるのが普通であり、このような場合には、シールド工法、ケーソ工法、沈埋工法、凍結工法等を採用するのが一般的である。また、締切りを行って開削工法を利用するものも多い。さらに、世界最長の水底トンネルとなる青函卜ンネルは、地山注入を駆使しながら山岳トンネル工法によって建設中である。水底卜ンネルは特に排水工に注意しなければならない。山岳トンネル、都市トンネルの項参照